第七章以降に発生するサブストーリー 
| No. | サブストーリー名 | 徳 | 報酬 | 発生条件 |
|---|---|---|---|---|
| 21 | 武士いんたびゅう | 300 | 龍の瞳 | 第七章で偽龍馬の調査を依頼された後 |
| 33 | 悟りを開いた男 | 400 | 背水の御札 墨坊主を隊士にできる | 第十章開始後 |
| 34 | 亡霊武者 | 350 | 錦鯉の御守り | 第七章開始後、昼か夕方 |
| 43 | 黒船？襲来 | 350 | 精密機械 | 第七章開始後、昼限定 |
21：武士いんたびゅう
第七章で偽龍馬の調査を依頼された後発生。
- 【A】洛外の梅小路町東を通ると瓦版売りに助けを求められ、勤王志士3人とバトル。
- 【B】屯所前の瓦版売りに近付く。
- いんたびゅうをうけて、質問に答える。
- 人を斬ることとは、あなたにとってズバリなに！？→「新選組隊士としての務め」
- 勤王志士に向かって一言→「お袋さんを泣かせるなよ」
- 女性の好み→「性格が合う人」
- 斎藤にとって新選組とは？→「最強」への通過点
- 新選組に目をつけられたら？→「やましくなければ心配無用」
- 龍の瞳、徳300入手。
選択肢で不正解を選んだ数によっては千年樹の枝か白金の粒になる模様。
33：悟りを開いた男
第十章開始後＋「32：増えた入れ墨」クリア後に発生。
- 【A】骸街の喧嘩屋・墨坊主の所に行く。
- 喧嘩屋・墨坊主に話しかけて「受けてたとう」を選択してバトル。
- 背水の御札、徳400入手。
- 壬生の屯所への階段前に墨坊主がいるので、話しかけると隊士にできる(SR)。
第十章で新撰組屯所に入ってストーリーイベントを起こすまでは出現しないので注意。
34：亡霊武者
第七章開始後、昼か夕方に発生。
- 【A】骸街で2人の男から夜になると亡霊武者が出るという噂を聞く。
- 夜になってから来ると亡霊武者とのバトルになる。
- 錦鯉の御守り、徳350入手。
43：黒船？襲来
第七章開始後、昼限定で発生。
- 【A】伏見一番街南で男達から黒船の話を聞く。
- 一度その場所を離れてから戻ってくると、人ごみができているので近付くとイベント。
- 近くにいる野次馬青年に話を聞く。
- 【B】近くにいる野次馬ねぇさんに話を聞く。
- 【C】近くにいる野次馬じいさんに話を聞く。
- 【D】万 一蔵屋で梅干しを800文で購入。
- 黒船に乗っていた男に梅干しを渡す。
- ならず者3人とバトル。
- 精密機械、徳350入手。
