サブストーリー 
今作では時限サブストーリーは無いので後からやっても問題ない。
- CP交換で「トラブルファインダー」を入手して装備すると、サブストーリー発生位置が「！」でマップに表示されるようになる。
- 最終章では遥と一緒に行動するかを選択可能。また、時間帯も自由に変更できる。
※下表で一部は、数字順になってませんが、ゲーム画面のサブストーリー順に合わせた為です。
| No. | サブストーリー名 | 経験値 | 報酬 | 章 | 発生条件 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | F-cupの値段 | 5000 | 10万円 選択肢によっては、地下カジノに行けるようになる | 4 | |
| 2 | 恋人はショーガール | 20000 | エイジアのフリーパス | 5 | 「13：厚意と報酬」クリア後、フィールドで1分経過 |
| 3 | ボクシング賭博 | 45000 | － | 7 | 遥同行時＋夜 |
| 4 | 極道の妻 | 59200 | － | 13 | 夜＋桐生1人の時+No.6偽美月の真相クリア |
| 5 | 医者の本分 | 45000 | － | 6 | 「13：厚意と報酬」クリア |
| 6 | 偽美月の真相 | 50000 | － | 11 | 「5：医者の本文」クリア＋単独行動 |
| 7 | 死にたがる男 | 60000 | － | 11 | 遥同行時＋夜 |
| 8 | 痴漢疑惑 | 1000 | 5万円、又は２万円 | 2 | 青木と会話後 |
| 9 | ストーカー | 50000 | 3万円 | 10 | 「37：ギャングバスターズ」クリア |
| 10 | 食い逃げ | 1000 | タフネスインフィニティ | 4 | |
| 11 | 運命の鑑定料 | 1000 | 5千円 ライフストーン（購入を断ると、＋3万円） | 4 | |
| 12 | 豪腕男 | 5000 | 気吸いの手袋 | 4 | |
| 13 | 厚意と報酬 | 1000 | スイス製高級時計 | 4 | |
| 14 | ヤクザ嫌いの男 | 5000 | 社長の名刺 赤い宝石 | 4 | |
| 15 | 用心棒 | 5000 | イタリア製マフラー | 4 | |
| 16 | 請求電話 | 5000 | 桜吹雪、又は２万円 | 4 | |
| 17 | いちゃもん | 5000 | 4 | ||
| 18 | いちゃもんの逆襲 | 10000 | 4 | 「17：いちゃもん」クリア | |
| 19 | いちゃもんの大逆襲 | 15000 | カラフルパラソル | 4 | 「18：いちゃもんの逆襲」クリア |
| 20 | いちゃもんのその後 | 20000 | 4 | 「19：いちゃもんの大逆襲」クリア | |
| 21 | マイコンタクト | 5000 | 2万円 | 4 | |
| 22 | マッチ売りの少女 | 10000 | セレブな香水 | 4 | 「21：マイコンタクト」クリア |
| 23 | UFOキャッチャー | 1000 | 9万円(1万+3万+5万) コインロッカーの鍵【I ー 3】 | 4 | |
| 24 | 不肖の息子 | 2000 | ゲンさんの写真 身代わり石 | 4 | 「46：トイレで困る男」クリア |
| 25 | 元プロボウラー | 2000 | 3万円 ( 負けた場合は、1万円払う ) | 4 | 「23：UFOキャッチャー」クリア |
| 26 | 酔っ払い | 5000 | 510円 うわばみ頭巾 | 4 | |
| 27 | カバン探し | 15000 | 1万円 | 4 | 「22：マッチ売りの少女」クリア |
| 28 | 怪しい男 | 10000 | 8万円 | 4 | 「14：ヤクザ嫌いの男」クリア |
| 29 | 落書き | 30000 | 5万円 | 6 | |
| 30 | ヤクザ志願者 | 2000 | シャンパン ゴールド | 4 | 「36：喧嘩屋」クリア |
| 31 | ヤクザ志願者2 | 3000 | 地下カジノに行けるようになる タウリナーマキシマム | 4 | 「30：ヤクザ志願者」クリア |
| 32 | ヤクザ志願者3 | 4000 | 10万円 鋼鉄製鉄甲 | 4 | 「31：ヤクザ志願者2」クリア |
| 33 | ヤクザ志願者4 | 5000 | 名匠のドス | 4 | 「32：ヤクザ志願者3」クリア |
| 34 | スカウト | 10000 | スタミナンスパーク or ガントレット or リペアキット | 4 | 「26：酔っ払い」クリア |
| 35 | 美女の真実 | 2000 | 黒帯 | 4 | 「8：痴漢疑惑」クリア |
| 36 | 喧嘩屋 | 1000 | 3万円 | 4 | |
| 37 | ギャングバスターズ | 50000 | 3万円 | 10 | |
| 38 | スリを追う | 1000 | 7万円 | 4 | |
| 39 | 京香とタカシ | 50000 | 博徒のサラシ | 7 | 「41：B-KINGの災難」クリア |
| 40 | 瀕死の男の依頼 | 50000 | 15万円 | 7 | 「41：B-KINGの災難」クリア |
| 41 | B-KINGの災難 | 50000 | チンピラの御守り | 7 | |
| 42 | 拾った携帯 | 5000 | 鬼子母神の御守り | 5 | |
| 43 | ヤクザ逃亡 | 30000 | コインロッカーの鍵【J5】 カリスマの写真 | 6 | |
| 44 | 怪しい警官 | 35000 | 7万円 | 6 | サブストーリー「43：ヤクザ逃亡」クリア |
| 45 | 取り立て代行 | 5000 | 5万円 | 4 | 「30:ヤクザ志願者」クリア且つ、カジノの合言葉を聞いた状態。 ＆シェラックで勧めに応じ酒を飲み、止められる (２セット行う)。 |
| 78 | 最後の刺客 | 89300 | 亜門のサングラス | 13 | No.78以外の全サブストーリークリア 能力強化｢心｣・｢技｣・｢体｣・｢龍｣全て完了 |
| 46 | トイレで困る男 | 1000 | 会長の名刺 ふんばり石 | 4 | |
| 47 | バブルの思い出 | 15000 | ダブル羽根扇 | 5 | |
| 48 | 噂のパーティ | 50000 | トルマリンブレス | 8 | 「2:恋人はショーガール」クリア |
| 49 | プレゼント探し | 3000 | ネコなでシューズ、又はスタミナンロイヤル | 7 | 「24:不肖の息子」クリア + 遥同行 |
| 50 | ちょいワルおやじ | 50000 | イタリア製ショルダーバッグ または ワイルドシャツ | 7 | 同行者無し |
| 51 | 新札捜索 | 15000 | 10万円 2千円札 | 5 | |
| 68 | 昆虫女王メスキング | 1000 | 昆虫カード「カブトムシ」 わざカード「ガンガンアタック」 わざカード「れんぞくじめ」 わざカード「かつぎおとし」 メスキングがプレイ可能になる | 4 | |
| 52 | 別れの約束 | － | － | 4？ | JeweLのキャバ嬢ゆいの好感度最大 |
| 53 | 恋愛の自由 | － | － | 4？ | SHINEのキャバ嬢リナの好感度最大 |
| 54 | ファイターの花道 | 5000 | 韋駄天モーターMarkⅡ ポケサーのコースエディットが可能になる | 4 | |
| 55 | 刺客の真相 | 35000 | － | 13 | |
| 56 | 刺激を求めて | 15000 | 篠原が闘技場に参戦 | 6 | |
| 57 | 古牧流・火縄封じ | 1000 | 古牧流・火縄封じの極みを習得 | 5 | 賽の河原の住人とのバトル後 |
| 58 | 古牧流・斬撃術 | 2000 | 古牧流・斬撃術を習得 | 5 | 「57：古牧流・火縄封じ」クリア |
| 59 | 古牧流・八面討ち | 3000 | 古牧流・八面討ちを習得 | 5 | 「58：古牧流・斬撃術」クリア 阿修羅之図を所持 |
| 60 | 古牧流・猫返り | 4000 | 古牧流・猫返りを習得 | 5 | 「59：古牧流・八面討ち」クリア 猫之図を所持 |
| 61 | 古牧流・明鏡の心得 | 5000 | 古牧流・明鏡の心得を習得 | 6 | 「60：古牧流・猫返り」クリア 蛇之図を所持＋「どこでも真島」徘徊中 |
| 62 | 古牧流・捌き討ち | 6000 | 古牧流・捌き討ちを習得 | 6 | 「61：古牧流・明鏡の心得」クリア 鎌鼬之図を所持 |
| 63 | 古牧流・達磨避け | 7000 | 古牧流・達磨避けを習得 | 6 | 「62：古牧流・捌き討ち」クリア 達磨之図を所持 |
| 64 | 古牧流・無手返し | 8000 | 古牧流・無手返しを習得 | 6 | 「63：古牧流・達磨避け」クリア 四神之図を所持 |
| 65 | 古牧流・弾き返し | 9000 | 古牧流・弾き返しを習得 | 6 | 「64：古牧流・無手返し」クリア 象之図を所持 |
| 66 | 古牧流・虎落とし | 10000 | 古牧流・虎落としを習得 | 6 | 「65：古牧流・弾き返し」クリア 虎之図を所持 |
| 67 | 古牧流・受け流し | 11000 | 古牧流・受け流しを習得 古牧が闘技場に参戦 | 6 | 「66：古牧流・虎落とし」クリア 龍之図を所持 |
| 69 | 博士との練習試合 | 1500 | 4 | 「68：昆虫女王メスキング」クリア | |
| 70 | はじめてのライバル | 2000 | わざカード「ジャイアントスイング」 | 4 | 「69：博士との練習試合」クリア |
| 71 | 個人レッスン | 4000 | わざカード「必殺よこく」 | 4 | 「70：はじめてのライバル」クリア |
| 72 | 愛さえあれば | 8000 | わざカード「スーパーロメロスペシャル」 | 4 | 「71：個人レッスン」クリア |
| 73 | カチコミだ！ | － | 昆虫カード「オオカマキリ」 | 4 | 「72：愛さえあれば」クリア メスキングカード30枚以上入手 |
| 74 | 博士の過去 | 15000 | わざカード「最後の力」 | 4 | 「73：カチコミだ！」クリア |
| 75 | 博士の過去2 | 20000 | 昆虫カード「メガララガルーダ」 | 4 | 「74：博士の過去」クリア |
| 76 | みんなで仲良く | 25000 | わざカード「あいこブレイク」 | 4 | 「75：博士の過去2」クリア |
| 77 | 最強の名を賭けて | 30000 | 昆虫カード「ヘルクレスオオカブト」 | 4 | 「75：博士の過去2」クリア メスキングカード50枚以上入手 |
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