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ストーリーモード：ミッション
ミッションは「闇と光を紡ぐ庭」（通称ロビー）でサイクスから受ける事が出来ます。
キーミッションをクリアする事でストーリーが進行します。
| DAY | No. | ミッション名 | ワールド | 種別 | 試練 の証 | 共闘 の証 | 出現条件 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8 | 01 | 任務の基本を習得せよ | トワイライトタウン | 通常 | － | － | － |
| 9 | 02 | 通常攻撃の基本を習得せよ | トワイライトタウン | 通常 | － | － | － |
| 10 | 03 | 任務達成について学習せよ | トワイライトタウン | 通常 | － | － | － |
| 11 | 04 | 魔法の基本を習得せよ | トワイライトタウン | 通常 | － | － | － |
| 12 | 05 | 調査の基本を習得せよ | トワイライトタウン | 通常 | － | － | － |
| 13 | 06 | リミットブレイクを学習せよ | トワイライトタウン | 通常 | － | － | － |
| 14 | 07 | ハートを回収せよ | トワイライトタウン | 通常 | － | － | － |
| 15～ | 08 | サーヴィランスを討伐せよ | トワイライトタウン | キー | － | － | － |
| 09 | ハートを回収せよ | トワイライトタウン | 通常 | － | － | － | |
| 10 | バトル耐久訓練で生き残れ | 存在しなかった城 | 通常 | － | － | － | |
| 22 | 11 | ガーディアンを討伐せよ | トワイライトタウン | キー | － | － | － |
| 23 | 12 | ポイズンプラントを討伐せよ | トワイライトタウン | キー | － | － | － |
| 24 | 13 | ディザーターを討伐せよ | トワイライトタウン | キー | － | － | － |
| 25 | 14 | ダークサイドを討伐せよ | トワイライトタウン | キー | － | － | － |
| 26 | 15 | 新たなワールドを調査せよ | アグラバー | キー | － | － | － |
| 51～ | 16 | ファイアプラントを討伐せよ | アグラバー | キー | (1) | 1 | － |
| 17 | テイルバンカーを討伐せよ | トワイライトタウン | 通常 | (2) | 1 | － | |
| 18 | 機関の標章を回収せよ | アグラバー | 通常 | (1) | 1 | － | |
| 19 | ディザーターを討伐せよ | アグラバー | 通常 | (1) | 1 | － | |
| 71 | 20 | シャドウブロックを破壊せよ | トワイライトタウン | キー | 1 | 1 | － |
| 72 | 21 | ハートを回収せよ | アグラバー | キー | 1 | 1 | － |
| 73 | 22 | サージェントを討伐せよ | ビーストキャッスル | キー | 1 | 1 | － |
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