クリア特典 
ゲームをクリアすると、クリア後の追加モードで使用できるクリアデータが作成できる。
クリアデータは新規に作成し、上書きしないように置いておいた方がいい。
クリア報酬
クリア報酬としてお金が貰える。
クリア時の難易度に関わらず(達人級でも)、200両。
難易度「達人級」追加
クリア時の難易度に関わらず本編クリアで追加される。
ゲームオーバー時の再挑戦不可の最高難易度。
ゲーム開始後に難易度の変更はできない。
クリアするとトロフィー「本編、極めし者」獲得。
追加モード
クリアデータを引き継いでニューゲーム
クリアデータの能力、アイテム、所持金を引き継いで新たに最初からゲームを始めることができる。
- 精進目録は引き継がれない。トロフィーの獲得には注意
- 徳は所持している徳が引き継がれる。徳の交換で取得した物も引き継がれる。
- コンプリート状況
引き継がれる：ミニゲーム、アナザーライフ、食事、ヒートアクション、武器・防具、闘技場、鍛冶屋レベル、隊士カード
引き継がれない：サブストーリー、師匠、お尋ね者、バトルダンジョン、ペット、遥の親密度と和みイベント
幕末漫遊
クリアデータの全要素を引き継いで、シナリオに関係なく自由に幕末の世界を探索できる。
「クリアデータを使わず始める」を選ぶと初期状態で開始できる。
※前作同様、プレミアムアドベンチャーでクリアデータを作成し、そのデータを引き継いでニューゲームを始めることができないので注意。
- 龍馬の部屋の着物を調べることで着替えができる。
新選組(デフォルト)、新選組～炎～、新選組～金～、新選組～大漁～
究極闘技
様々なバトルミッションをクリアしていくモード。
全てクリアするとコンプリート報酬として大筒『鳳凰』(最大攻撃力223、印：炎・空) が貰える。
普通に作成できる武器なので特に貴重な物ではない。
